Pada Januari 1929 Kesultanan Yogyakarta kedatangan lima suster Katolik Belanda dari ordo Carolus Borromeus dalam rangka tugas melayani orang sakit dengan mendirikan rumah sakit.
Bersama perwakilan Ordo Katolik Carolus Borromeus cabang Kesultanan Yogyakarta, peletakan batu pertama dilakukan pada 15 September 1928 oleh Caroline Schmutzer van Rijckvorsel, istri dari Ir. Julius Schmutzer, direktur Pabrik Gula Gondanglipuro, Ganjuran, Bantul. Bangunan rumah sakit ini dirancang serupa dengan biara utama ordo St. Carolus Borromeus di Maastricht, Belanda.
Pada 14 September 1929, rumah sakit diresmikan oleh Sultan Hamengkubuwono VIII dan diberinya nama Rumah Sakit Onder de Bogen, artinya: di bawah lengkungan. Bangunan rumah sakit banyak dihiasi bentukan melengkung.
Ketika Jepang menguasai Indonesia tahun 1942, para suster dan dokter warga negara Belanda ditangkap dan dijebloskan ke kamp konsentrasi. Dinas kesehatan Tentara Jepang mengambil alih rumah sakit dan memaksa pengelola untuk mengganti nama rumah sakit dari bahasa Belanda menjadi bahasa Indonesia. Atas perintah Uskup Semarang Mgr. Albertus Soegijopranoto, nama rumah sakit kemudian diganti menjadi RS Panti Rapih dan suster Sponsaria ditunjuknya menjadi pimpinan rumah sakit.
Setelah Jepang menyerah kalah terhadap Pasukan Sekutu dalam Perang Pasifik tahun 1945, ordo Carolus Borromeus kembali mengelola RS Panti Rapih. Pada saat perjuangan kemerdekaan Republik Indonesia, RS Panti Rapih banyak merawat para pejuang, salah satunya adalah Jendral Soedirman pada tahun 1948.
“Suster, bagi saya suster itu seperti ibu, meskipun bangsa saya berperang melawan bangsa suster,” kata Soedirman pada salah seorang suster Belanda, dikutip GNFI dari “Indonesianisasi: Dari Gereja Katolik di Indonesia Menjadi Gereja Katolik Indonesia” karya Huub J. W. M. Boelaars.



