
Soedirman dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Semaki, Yogyakarta. Begitu pula Oerip Soemohardjo. Keduanya ditetapkan sebagai pahlawan nasional berdasarkan surat keputusan yang sama.
Sultan Hamengkubuwono IX mengatakan, dikutip Salim Said, bahwa TB Simatupang dan AH Nasution (berasal dari KNIL) memandang Soedirman (berasal dari PETA) “buruk teknik militernya”.
Pemilihan calon pimpinan TKR dengan pemungutan suara terjadi dua putaran, 12 November 1945 di Yogyakarta. Seluruh komandan divisi hadir kecuali Jawa Timur yang sedang bertempur melawan Inggris (pertempuran yang belakang hari dikenang sebagai Hari Pahlawan).
Putaran pertama imbang, tapi putaran kedua Soedirman menang tipis. Soedirman kaget bisa menang, karena merasa tidak enak lantas menyerahkan jabatannya kepada Oerip yang usianya 30 tahun lebih tua.
Oerip sudah puluhan kali “tour of duty” sebagai tentara KNIL sejak Soedirman masih “ingusan” di Hizbul Wathan (pramukanya Muhammadiyah). Pengalaman tempur Soedirman sebagai PETA tidak lebih dari 2 tahun. Sebelum bergabung PETA dia guru SD Muhmmadiyah.
Meskipun begitu penyerahan jabatan ditolak peserta pemilihan, mereka marah-marah karena merasa suaranya tidak dihargai. Akhirnya Soedirman menerima jabatan Panglima dengan syarat Oerip bersedia dia angkat menjadi Kepala Staf.
“Oerip kalah dalam pemilihan karena tidak seluruh anggota percaya eks KNIL. Faktor kedua barangkali, Oerip orang Jawa hanya fasih ngomong Belanda. Bahasa Indonesianya buruk sehingga perintahnya sulit dimengerti anak buah,” kata Salim Said.
Hingga November 1945 TKR tidak memiliki pimpinan tertinggi karena Soeprijadi tidak pernah muncul untuk menduduki jabatannya itu. Soeprijadi lenyap misterius usai pemberontakan PETA ditumpas Jepang, sementara Muradi (pimpinan lapangan) dihukum mati dengan penggal oleh polisi militer Jepang (Kempeitai) di sebuah kawasan yang sekarang disebut Ancol pada 16 Mei 1945.
Untuk memilih pimpinan tertinggi TKR pengganti Soeprijadi diadakanlah konferensi 12 November 1945 di Yogyakarta tersebut, dihadiri oleh Paku Buwono XII, Hamengku Buwono IX, Mangkunegoro VIII dan Paku Alam VIII sebagai saksi-saksi.
Pada 18 Desember 1945 Pemerintah Republik Indonesia resmi mengesahkan pengangkatan kolonel Soedirman menjadi Panglima Besar TKR dengan pangkat Jenderal.
