Sudah eksis ratusan tahun sebelum Majapahit lahir, Kerajaan Bali berhubungan sederajad (bukan sebagai jajahan) dengan imperium Hindu – Buddha di Jawa sejak era Mataram Kuno (Medang). Hubungan ini terjadi tepatnya pada masa-masa pertama kepindahannya ke Jawa Timur di era Maharaja Rake Hino (Mpu Sindok) tahun 930 M dari Mamratipura (kawasan antara Candi Prambanan – bukit Candi Ratu Boko, arah Piyungan, Yogyakarta).
Hubungan tersebut makin harmonis dan berpengaruh secara hegemonial ketika terjadi perkawinan antara Raja Bali Udayana (Sang Ratu Maruhani Sri Dharmodayana Warmadewa) dan Mahendratta (di Bali bergelar Gunapriya Dharmapatmi), yang tak lain adalah keturunan ketiga (cicit) dari Mpu Sindok. Dari perkawinan inilah lahir Airlangga (Erlangga), pendiri Kerajaan Kediri (1042 M). Kakak dari Mahendratta ini adalah Maharaja Medang Dharmawangsa Teguh.
Kediri adalah kerajaan terakhir pewaris Mataram Kuno, dia runtuh oleh pemberontakan Ken Arok yang kemudian mendirikan Singasari (1222 M).
Singasari runtuh tahun 1292 M oleh pemberontakan Jayakatwang, keturunan raja terakhir Kediri Kertajaya. Raden Wijaya adalah menantu raja terakhir Singasari Kertanegara dari empat putrinya sekaligus: Tribhuwaneswari, Narendraduhita, Jayendradewi, dan Gayatri. Dalam pemberontakan tersebut Kertanegara terbunuh, namun Raden Wijaya dan keluarganya berhasil melarikan diri. Berkat siasat yang disusunnya bersama Aria Wiraraja (Banyak Wide), Raden Wijaya bukan hanya diampuni oleh Jayakatwang tapi juga diberi tanah perdikan di Hutan Tarik. Aria Wiraraja adalah bangsawan Sumenep, Madura, sepupu Kertanegara yang sekaligus menjadi penasehatnya.
Masih dibantu Aria Wiraraja bersama pasukan Madura, Raden Wijaya akhirnya bersekutu juga dengan pasukan Mongol pimpinan Ike Mese untuk menggempur Jayakatwang. Setelah Jayakatwang disingkirkan, Raden Wijaya pada 1293 M mendirikan kerajaan Majaphit di kawasan Hutan Tarik. Sebelumnya Raden Wijaya telah berjanji, bahwa jika dia berhasil menyingkirkan Jayakatwang maka daerah kekuasaannya akan dibagi dua untuk dirinya dan Aria Wiraraja.
Pada 1295, dua tahun setelah berdiri, wilayah Majapahit dibaginya menjadi dua. Bagian Timur, berpusat di Lumajang, diserahkan kepada Arya Wiraraja sebagai imbalan atas jasanya membantu pendirian Majapahit. Arya Wiraraja ini tak lain adalah ayah Ranggalawe (Adipati Tuban) dan Nambi (diangkat menjadi Patih pertama Majapahit).
Kemudian Raden Wijaya juga membentuk Dharmaputra, pasukan elit beranggotakan tujuh orang, yaitu Ra Kuti, Ra Semi, Ra Tanca, Ra Wedeng, Ra Yuyu, Ra Banyak, dan Ra Pangsa.
Pada tahun 1404–1406 M terjadi perang saudara antara Keraton Barat (dikuasai Wikramawardhana) dan Keraton Timur Majapahit (dikuasai Bhre Wirabhumi), terkenal dengan sebutan Perang Paregreg. Peristiwa ini ditengarai sebagai titik awal berakhirnya kejayaan Majapahit.
Pasukan Laksamana Ceng Ho dari Tiongkok sedang berada di Istana Timur ketika Bhre Wirabhumi pada 1406 M tewas diserang pasukan Keraton Barat Wikramawardhana. Sebanyak 170 orang Tiongkok prajurit Ceng Ho ikut tewas.
