
Ayahanda Pangeran Diponegoro, yaitu Sultan Hamengkubuwono III, punya adik perempuan bernama R.A Mursilah. Pada tahun 1792 di desa Mojo, Pajang, dekat Delanggu, Surakarta, R.A Mursilah bersama suaminya yaitu Iman Abdul Arif punya anak laki-laki diberi nama Muslim Muhammad Halifah. Ketika dewasa dan menjadi ulama mengikuti jejak ayahnya, anak ini dikenal dengan nama Kyai Mojo.
Jadi Kyai Mojo adalah adik sepupu Pangeran Diponegoro.
Iman Abdul Arif, ningrat Pajang, adalah seorang ulama besar terkenal pada masa itu di dusun Baderan dan Mojo. Kedua dusun tersebut berada dekat Pajang, merupakan tanah pradikan pemberian Raja Surakarta kepadanya. Selain Muslim Muhammad Halifah (Kyai Mojo), Iman Abdul Arif memiliki beberapa anak laki-laki lain yaitu Kyai Baderan, Kyai Hasan Muhammad, dan Kyai Hasan Besari.
Setelah Kyai Mojo menikahi janda cerai Pangeran Mangkubumi (adik Sultan Hamengkubuwono III), hubungan kekeluargaannya dengan Pangeran Diponegoro semakin erat.
Bersama Pangeran Mangkubumi, jabatan Pangeran Diponegoro di Kesultanan Yogyakarta menjelang pecahnya Perang Diponegoro (1825 – 1830) adalah Wali Raja. Saat itu tahta dipegang oleh Sultan Hamengkubuwono V yang baru berusia 3 tahun (bertahta 19 Desember 1823 – 5 Juni 1855). Sebagai Wali Raja di Kesultanan Yogyakarta, duet Pangeran Mangkubumi dan Pangeran Diponegoro menjalankan roda pemerintahan sehari-hari.
Dalam kapasitasnya sebagai Wali Raja itulah Pangeran Diponegoro dan Pangeran Mangkubumi berselisih dengan Residen baru Hendrik Smissaert mengenai ganti rugi sewa tanah yang berpotensi membangkrutkan Kesultanan. Pada 6 Mei 1823 Gubernur Jendral Van der Capellen mengeluarkan dekrit bahwa semua tanah yang disewa orang Eropa dan Tionghoa wajib dikembalikan kepada pemiliknya per 31 Januari 1824, dengan catatan pemilik lahan wajib memberi kompensasi kepada penyewa lahan yang orang Eropa. Keraton Yogyakarta terancam bangkrut karena semua tanah yang disewa “orang Eropa” adalah milik keraton sehingga Pangeran Diponegoro terpaksa meminjam uang kepada Kapitan Tionghoa.
Ketika tiba di Goa Selarong, Bantul, setelah berhasil melepaskan diri dari pengepungan Tegalrejo, Pangeran Diponegoro dan Pangeran Mangkubumi berunding tentang siapa yang akan direkrut untuk mengobarkan perang besar di Tanah Jawa. Keduanya punya strategi menjadikan pemberontakannya sebagai perang sabil (jihad) agar mendapatkan banyak pengikut. Pangeran Mangkubumi usul untuk memanggil ulama dari Keraton Yogyakarta saja, tapi pilihan Pangeran Diponegoro jatuh pada Kyai Haji Muhammad Halifah alias Kyai Mojo dari Keraton Surakarta. Sempat bermukim di Mekah beberapa tahun, Kyai Mojo saat itu telah menjadi seorang ulama besar pemimpin Pesantren Mojo menggantikan ayahnya, punya ribuan pengikut (santri) termasuk diantaranya para kerabat Keraton Surakarta dan Yogyakarta.
Pangeran Diponegoro tahu sejak lama Kyai Mojo ingin tanah Jawa dipimpin oleh pemerintahan berdasarkan syariat Islam, maka itulah yang dia janjikan padanya.
Memenuhi panggilan Pangeran Diponegoro, Kyai Mojo datang menghadap ke Gua Selarong. Sejak itu Kyai Mojo berhasil merekrut banyak tokoh berpengaruh, termasuk 88 orang kiai desa, 11 orang syekh, 18 orang pejabat urusan agama (penghulu, khatib, juru kunci, dan lain-lain), 15 orang guru mengaji, juga puluhan orang ulama dari Bagelen, Kedu, Mataram, Pajang, Madiun, Ponorogo, dan seterusnya, serta beberapa orang santri perempuan.
Tapi ternyata kongsi antara Pangeran Diponegoro dan Kyai Mojo rupanya hanya bertahan sekitar tiga tahun. Perpecahan mulai terjadi ketika Kyai Mojo menyaksikan Pangeran Diponegoro dalam kampanyenya lebih berhasil menggunakan atribut-atribut Jawa ketimbang menggunakan atribut Islam dalam merekrut pasukan.
Dengan jargon-jargon perang yang menempatkan dirinya sebagai Satria Piningit dan Ratu Adil, Pangeran Diponegoro merekrut banyak pengikut. Dalam Kitab Jayabaya yang tersohor itu disebutkan senjata Ratu Adil adalah Trisula, senjata yang juga digunakan berbagai laskar Diponegoro.
“Museum ini menyimpan sejumlah mata tombak dengan bentuk yang beragam, salah satunya mata tombak berbentuk trisula milik Pangeran Diponegoro,” kata M. Kasbuloh, staf penjaga Museum Diponegoro Sasana Wiratama Tegalrejo.
Pangeran Diponegoro juga menobatkan dirinya sebagai Ratu Adil Tanah Jawa bergelar Jeng Sultan Abdulhamid Herucakra Sayidin Panatagama Khalifah Rasullullah. Pangeran Diponegoro kemudian diperlakukan lebih sebagai raja oleh pengikutnya, berjubah putih dipayungi para pengawalnya dengan payung berlapis emas dalam setiap kemunculannya.
Kyai Mojo kemudian secara terbuka memprotes sepupunya itu karena dianggapnya telah mengingkari janjinya membentuk pemerintahan sesuai dengan tatanan Islam, bahkan menuduhnya berambisi mendirikan kerajaan baru di tanah Jawa.
Setelah dikritik begitu, Pangeran Diponegoro meminta Kyai Mojo berhenti perang agar selamat jika memang sudah tidak bersedia mendukungnya. Sedangkan pada sisi lain Pangeran juga jengkel akibat peristiwa sebelumnya yaitu kekalahan fatalnya dalam Pertempuran Gawok, Surakarta. Pangeran mengatakan kekalahan yang membuat dirinya terluka parah itu akibat Kyai Mojo takabur meremehkan pasukan “koalisi” antara Belanda dan Keraton Surakarta.
Penyerangan ke Keraton Surakarta, di desa Gawok, itu sendiri adalah atas desakan Kyai Mojo karena daerah-daerah bawahan Keraton Yogyakarta sudah dikuasi pasukan Diponegoro, hanya daerah-daerah jauh dari jangkauan seperti Surakarta belum dikuasai. Apabila Surakarta sudah dikuasai maka, usul Kyai Mojo, target berikutnya adalah Kalitan dan Boyolali.
Untuk itu Kyai Mojo sesumbar bahwa Keraton Surakarta berada di bawah pengaruhnya, bahwa pangeran-pangeran Surakarta juga berada di bawah pengaruhnya, karena dahulu mereka belajar ilmu agama pada ayah Kyai Mojo, dan sekarang anak-anak pangeran itu menjadi santri-santri Kyai Mojo.
Kyai Mojo juga sesumbar bahwa Surakarta akan mudah ditaklukkan karena para pembesar Keraton Surakarta pasti akan tunduk dan patuh kepada Kyai Mojo karena ayah-ayah mereka pernah berguru kepada ayah Kyai Mojo.
Kekalahan fatal dalam Pertempuran Gawok yang nyaris merenggut nyawa Sang Pangeran itu adalah pertanda bahwa dukungan para pangeran Surakarta yang digembar-gemborkan Kyai Mojo terhadap Diponegoro tidak terbukti. Bahkan sebaliknya, martabat Sang Pangeran dikecilkan dalam pertempuran Gawok, karena ternyata duet perjuangan Pangeran Diponegoro dan Pangeran Mangkubumi tidak mendapatkan dukungan dari kalangan pembesar Keraton Surakarta.
Kembali pada perkara pecah kongsi, setelah Pangeran Diponegoro memintanya berhenti perang, akhirnya Kyai Mojo pada 5 Oktober 1828 berinisiatif menemui Belanda untuk mengadakan perundingan demi berakhirnya perang. Dalam pertemuan itu Belanda bertanya bagaimana jika pangeran Diponegoro diberi wilayah kekuasaan. Dengan kata lain, Diponegoro akan diberi jatah sebagai raja baru di Jawa.
Kyai Mojo pun menjawab, jika itu yang terjadi maka akan disambut dengan senang hati oleh Diponegoro dan perang pun selesai. Pernyataan tersebut menyiratkan persepsi Kyai Mojo bahwa Pangeran Diponegoro berambisi menjadi raja baru di Jawa.
Kyai Mojo berangkat lagi untuk berunding kedua kalinya pada 5-9 November 1928 secara sepihak tanpa sepengetahuan Pangeran Diponegoro. Namun perundingan tidak membuahkan hasil. Pasukan Gerak Cepat dikomandoi Letkol Joseph Le Bron de Vexela sudah ditugaskan untuk memastikan Kyai Mojo dan pasukannya tidak bisa lolos. Pada 12 November 1828 Kyai Mojo dan para pengikutnya disergap di daerah Mlangi, Sleman, dekat Sungai Bedog, kemudian dibawa ke Salatiga.
Sepanjang dua tahun berikutnya, hingga 1830, Perang Diponegoro berlangsung tanpa Kyai Mojo. Pada 17 November 1828, Kyai Mojo beserta orang-orang yang masih menyertainya dikirim ke Batavia dan diputuskan akan diasingkan ke Tondano, Minahasa, Sulawesi Utara. Kyai Mojo terus berdakwah di tanah pembuangannya itu hingga wafat pada 20 Desember 1849 di usianya yang ke 57.
