Legenda Jawa dari abad ke-16 menyatakan penguasa laut selatan Kanjeng Ratu Kidul sebagai pelindung dan pasangan spiritual para raja Kerajaan Mataram. Tertuang dalam Babad Tanah Jawi, Panembahan Senapati (1586-1601 M), pendiri Kesultanan Mataram, dan cucunya Sultan Agung Hanyakrakusuma (1613-1645 M) menyebut Kanjeng Ratu Kidul sebagai mempelai mereka.
Pangeran Panembahan Senopati berkeinginan mendirikan sebuah kerajaan baru, yaitu Kesultanan Mataram, untuk melawan kekuasaan Kesultanan Pajang. Dia lantas melakukan tapa di pantai Parang Kusumo yang terletak di selatan kediamannya di Kota Gede. Meditasinya menyebabkan terjadinya fenomena supernatural yang mengganggu kerajaan Laut Selatan.
Merasa terganggu, Kanjeng Ratu Kidul datang ke pantai untuk melihat siapa yang menyebabkan gangguan di kerajaannya. Saat melihat pangeran yang tampan, Kanjeng Ratu jatuh cinta dan meminta Panembahan Senopati untuk menghentikan tapanya. Sebagai gantinya, sang Ratu penguasa alam spiritual di laut selatan itu setuju membantunya mendirikan kerajaan baru. Untuk menjadi pelindung spiritual kerajaan tersebut, sang Ratu dilamar oleh Panembahan Senopati, dijadikan pasangan spiritualnya serta semua penggantinya nanti, yaitu para raja Mataram.
Babad Diponegoro mengisahkan pertemuan Ratu Kidul dengan Pangeran Diponegoro sebanyak dua kali, yaitu pada tahun 1805 dan pertengahan Juli 1826. Pertemuan pertama terjadi di Gua Langse, Pantai Parangtritis di selatan Yogyakarta ketika Pangeran Diponegoro bersamadi sehingga Ratu Kidul tidak berkeinginan untuk mengganggu.
Pertemuan kedua berlangsung pada saat terjadinya Perang Diponegoro (1825-1830). Pada pertemuan kedua, Ratu Kidul ditemani dua patihnya – yaitu Nyi Roro Kidul dan Raden Dewi – menawarkan bantuan dalam perang tetapi dengan syarat Pangeran Diponegoro bersedia memohon kepada Allah Ingkang Rabulngalimin agar Ratu Kidul diperkenankan kembali menjadi manusia. Pangeran Diponegoro menolak dengan halus dengan alasan bahwa pertolongan hanya datang dari Hyang Agung sehingga dia tidak akan bersekutu dengan makluk gaib.
Dalam buku Tahta Untuk Rakyat, Sultan Hamengkubuwana IX menggambarkan pengalaman pertemuan spiritualnya dengan Kanjeng Ratu. Sultan menuturkan, Kanjeng Ratu dapat berubah wujud dan penampilan, yaitu sebagai seorang wanita muda pada saat bulan purnama dan sebagai wanita tua di waktu yang lain.
Nyi Roro Kidul Anak Buah Kanjeng Ratu Kidul.
Legenda mengenai penguasa mistik laut selatan ini tidak diketahui dengan pasti sejak kapan dimulai. Namun, legenda ini mencapai puncak tertinggi karena pengaruh kalangan penguasa keraton dinasti Mataram Islam (Kasunanan Surakarta Hadiningrat dan Kesultanan Yogjakarta). Dalam kepercayaan tersebut, Kanjeng Ratu Kidul merupakan istri spiritual bagi raja-raja kedua keraton tersebut. Pada saat tertentu, keraton memberikan persembahan di Pantai Parangkusuma, Bantul, Pantai Parangtritis Bantul dan Pantai Paranggupita, Wonogiri.
Kanjeng Ratu Kidul secara umum sering disamakan dengan Nyi Roro Kidul, padahal keduanya sangatlah berbeda. Kanjeng Ratu Kidul, oleh Keraton Surakarta diberi nama Gusti Kanjeng Ratu Ayu Kencono Sari, menampakkan diri hanya untuk memberi isyarat atau peringatan akan datangnya suatu kejadian penting.
Dalam mitologi Jawa, Kanjeng Ratu Kidul merupakan ciptaan dari Dewa Kaping Telu. Dia mengisi alam kehidupan sebagai Dewi Padi (Dewi Sri) dan dewi-dewi alam lainnya. Sedangkan Nyi Roro Kidul adalah putri Kerajaan Sunda yang diusir ayahnya karena ulah ibu tirinya.
Dalam keyakinan orang Jawa, Kanjeng Ratu Kidul memiliki pembantu setia bernama Nyai atau Nyi Roro Kidul. Nyi Roro Kidul menyukai warna hijau dan dipercaya suka mengambil orang-orang yang mengenakan pakaian hijau yang berada di pantai wilayahnya untuk dijadikan pelayan atau pasukannya. Karena itu, pengunjung pantai wisata di selatan Pulau Jawa, baik di Pelabuhan Ratu, Pangandaran, Cilacap, pantai-pantai di selatan Yogyakarta, hingga Semenanjung Purwa di ujung timur, selalu diingatkan untuk tidak mengenakan pakaian berwarna hijau.
Sedangkan kalangan masyarakat Sunda mempercayai Ratu Kidul sebagai titisan dari seorang putri Pajajaran yang bunuh diri di laut selatan karena diusir oleh keluarganya karena ia menderita penyakit yang membuat anggota keluarga lainnya malu. Dalam kepercayaan Jawa berkembang anggapan bahwa tokoh ini bukanlah Ratu Laut Selatan yang sesungguhnya, melainkan diidentikkan dengan Nyi Roro Kidul, pembantu setia Kanjeng Ratu Kidul. Pandangan ini berdasarkan dugaan bahwa Ratu Kidul berusia jauh lebih tua dan menguasai Laut Selatan jauh sebelum sejarah Kerajaan Pajajaran eksis.
